慧思從慧文學習禪定已有很長時間了，自己修煉也進行了兩個季節，可到現在也沒有得到證悟。在第二個夏天到來時，慧思又要繼續修煉，他下定了決心，不能悟道，自己就坐死于此。慧思把自己的念頭緊系于前，寂然入定。在開始的三天和第七天，慧思看到自己有生以來的善惡業相。這是證悟的開始，慧思對此嘆息不已，用功更加勤奮。進而八種感覺突然相繼也現，進入初禪。之后，身體好像是得了重病，四肢軟弱，不能行走，身不由己。慧思經過自我觀察，知道這是由自己以往的惡業所引起，沒有別的原因，這種感覺是在清除惡業的過程中出現的。慧思對此置之不理，只是靜心守定。隨后，慧思就覺得身體像白云一樣，心中暢快清靜，所有的痛苦全都除去。在夏季快結束時，慧思的禪定還是停留在起初達到的境界中，并沒有進一步的收獲。慧思加以自我檢查，發現自己是因守空過度而產生昏沉，慧思感到很慚愧。慧思放松身體，想靠住墻壁，在背還沒有挨到墻壁時，突然開悟，進入到一個更高的境界。法華三昧和大乘法門都得到印證，自己也獲得透徹之悟，不再需要他人引導。
禪定本是修智證道的重要方法。僧人學法，要見地、修持并重，見地就是學識，修持就是在實踐中進行對學識的印證。南北朝時期，我國佛教北重修持，南重學識義理。后來出現了南北佛教的合流，促進了中國佛教的發展。慧思就是由北而南，把禪定之法在南部傳播，從而促進了南北佛教交流的一個重要人物。
慧思少時以寬厚仁慈而聞名鄉里。慧思曾夢見有天竺僧人勸他出家，他很受震動，辭別父母，入了佛門。
慧思初入佛門，就感到有神僧在夢中對他進行訓教，讓他齋戒，要求他遵守戒律，象佛典所要求的那樣進行修學。受具足戒之后，慧思從道之心更加堅定不移。慧思常在安靜的地方靜坐修煉，每天只吃一頓飯。慧思讀法華等佛教經典，幾年之間，讀完了上千遍。
一次，慧思所住的房子被人燒了，燒房的人立刻得了大病。 燒房的人找到慧思，向他請求懺悔，慧思接受了。燒房的人給慧思建起了草房，慧思就在草房象往常一樣誦經修持。燒房人的病也好了。
隨后，慧思夢見了梵僧幾百人，形狀服飾奇特。上座的大德對慧思說：“你雖然受了戒律，但僧儀不好。這樣怎么能進入正道呢？遇到行為清貞的僧眾，你一要費向他們學習。”慧思于是先后以四十二個僧人為師，受羯磨法具足戒。學成后，慧思忽然悟到，這是夢中給安排的。從此以后，慧思更加勤手修持，專心學法。經過修行，慧思見到了自己三生之中所做的道事。
慧思修煉一段時間之后，又夢見彌勒和彌陀為他說法。醒來后，慧思作二張畫像，一起供養。接著，慧思夢見和道彌勒以及眾眷屬一起在龍華相會。慧思自言自語道：“我在末世受持法華，現在又蒙佛如此引導，真是三生有幸。”慧思感動地流下了熱淚，一下子獲得了大悟。
慧思又進一步修學佛法，各種瑞象紛紛出現。慧思所用水瓶的水常是滿的，各種用具不備自齊，好像是有天上的童子在地下侍衛他。
慧思在讀妙勝定經時，非常贊嘆禪定的功夫。慧思決定修煉禪定。當時，慧文的禪定功法高深，慧思就去從他修學。
慧思修成禪定后，前去拜會鑒最等法師，向他們描述他所證悟的境界，眾人都為他感到高興。慧思因此而名聞四方，欽佩其德行而前來從師的學徒日益增多。修持所依的方法眾多，慧思選擇大小乘中的定慧方法，來引導眾人進入禪定，進行自我修持。
學禪定的人很多，其中夾雜著一些心懷叵測的人。有人怨恨慧思，在他的飯中放了毒藥，想毒死他，卻沒有得逞。外道的人共同謀劃要害他，也沒有實現。慧思對此并不在意：
“大圣在世，還會有流言蜚語，何況是我這種無德之人呢？這種迫害是難以逃脫的，它是由我前世所做的錯事引發的，迫害來了我也要接受，以贖清我前世之罪。這是我的私事，你們不用管它。但佛法在這里不久就要遭到破滅，我們去什么地方躲避此難呢？”
這時僧人冥空說：“如果要想修定，我們可以到南岳或者武當去，那里是修道的好地方。”
慧思在齊武平初年離開嵩陽，帶領眾徒南遷，想同以前的大德一樣，尋找一個隱身修行之所。剛到光州，就趕上梁元帝傾覆，國家大亂，向南的道路被阻。慧思和眾弟子不得不暫時住在大蘇山。幾年的時間，前來投奔慧思的弟子如潮水涌起一樣多。
大蘇山在陳齊兩國邊境，兩國交戰，佛法弘揚受到阻礙，許多人害怕戰爭，相繼散去。只有那些有志于行道的，不惜生命，留下來向慧思學法。慧思向他們傳授禪定之法，講授佛理。
接著，眾人又請慧思講《般若》和《法華》二經。慧思所講的內容，都能闡發佛經的玄妙之意。江陵前來學法的智顗，聰明慧解，學識廣博，慧思讓他代自己講經。智顗講到一心具萬行之處，感到有些疑惑。慧思給他解釋說：
“這是大品次第之意，不是《法華經》的圓頓之說。我過去在夏休時，就苦于思考這個問題。在一天夜晚，我忽然感到一念生出萬法，從而印證了這種說法。”
智顗接受了慧思所授的法華行法三七境界，又問慧思的師位是否是十地，慧思說：“不是。我是十信鐵輪位。”其實，以慧思所證得的境界來說，已到了長別苦海的程度，只是他本人謙虛退讓，聽其言很難見其實。
陳光大(年號) 六月二十二日 ，慧思又帶著眾弟子，向南岳進發，開始了融合南北佛教的偉大事業。
慧思到達南岳后，告訴眾僧說：
“我要在這里住十年，十年以后，我就要遠游他方。”又說“我前世的時候，曾到過這里。 ”
衡陽附近有一個風景優美的地方，林靜泉清，見到的人都很高興。慧思說：“”這是古寺院，我過去曾住在這里。”按慧思的說法，眾人掘開地面，果然看到了房基和一些僧人用具。他們走到巖下時，慧思：“我過去在這里坐禪時，賊人砍了我的頭，因而喪命。現在是我再次轉世之身。”眾人共同尋找，發現了一具枯骨，又仔細尋找，找到一個頭骨。慧思拿著頭頂在頭上，后來又為它建造了一座塔，以報答前世之恩。
慧思在南岳講經授法，山門弟子云集，名聲日高。有一個異道心懷嫉妒，密告陳皇帝，說慧思是北地僧人，受齊的指使，前來破壞。陳皇帝派使者前去探查。使者走到半路，遇到兩只虎在前面憤怒地咆哮，使者驚嚇而退。幾天以后，使者又去。此時，有小蜂飛來螫慧思的額頭。立即有大蜂飛來，咬死了小蜂，把小蜂的頭叼到慧思面前，然后就飛走了。陳皇帝得知此事后，對慧思不再懷疑。不久，告密者一人暴死，另外兩個被狗咬死，蜂所示的征兆，于此得到了驗證。
陳皇帝欽佩慧思的道法高深，傳旨把慧思接到下都的棲玄寺。有一次，慧思從棲玄寺到瓦官寺，趕上下雨，他沒帶雨具，卻身上不濕，鞋不沾泥。僧正、慧暠諸弟子在路上遇到慧思，他們稱贊道：“真是神人！不然，怎么會如此呢？”
陳國的大臣對慧思佩服異常，道俗也為之傾倒。大督都吳明徹，敬重慧思，送給慧思一個犀牛枕。李將軍孝威，到寺中拜見慧思。他在路上想：“怎么才能看到吳明徹送給慧思的犀半枕呢？”等到了慧思的住處，慧思對李孝威說：“想看犀牛枕，現在就可以看。”
有一天，忽然有聲音告訴李孝威打掃院子，有圣人將至。孝戚立即讓人打掃。不一會兒，慧思就來了，孝威仰慕不已。孝威把此事告訴眾人，眾人驚嘆不已。慧思想回南岳，眾人不敢挽回，用船把他送到江邊。慧思回山中后，陳皇帝每年都要去三封信，表示慰問。
慧思在山中加倍宣講佛法，其道法更加高深莫測。現形忽大忽小，有時會藏身不見，又時常有異香奇色出現、各種瑞相接連不斷。
慧思曾說要在山上住十年，住滿就走。在十年將滿之時，慧思從山頂下到半山道場，聚集門徒 , 連日說法。慧思苦口婆心 地勸眾僧學法行道 , 聽著為之動顏。慧思告訴眾人說：
“如果有十個人不惜生命，常修《法華》、《般若》、《念佛三昧方》等，常行懺悔，這種人有什么需要，我將隨時供給。如果沒有這樣的人，我就要遠去了。”
苦行之事艱難，眾門徒無人回答。慧思停念止息，等待命盡。小僧靈辯見慧思將要離去，嚎啕大哭。慧思睜開眼說：“你是個惡魔，我要走了，眾圣正在迎接我，快樂致極。你為什么要驚動我，趕快出去。”
說完，慧思就離去了。慧思死時，異香滿室。他的尸體頭頂溫熱，身體綿軟，面色如常。終年六十四歲。